三体人接受了罗辑的谈判条件，三体舰队偏离太阳系，地球与三体暂时和平。
三体向地球传授科学知识，地球则利用自身爆炸性进步的优势（三体几乎是匀速发展）反过来帮助三体拯救偏离航道的三体舰队，黑暗森林威慑建立，庄颜和孩子被唤醒与罗辑团聚。
由于核弹开关要是掌握在集体手中，就起不到太大的威慑作用（因为要是三体不惧怕广播的风险进攻地球，在三体舰队到来前人类还有至少一代人的时间可以存活，这对活着的人就是全部了；如果为报复三体的进攻，向宇宙广播三体世界的坐标，地球一同暴露的话，来自不明世界的毁灭打击随时都可能到来，这个结果远糟于放弃广播。所以当三体进攻时，人类的群体反应完全可以预测：放弃广播三体坐标。但是如果开关掌握在某一个人手中，个体的反应则无法科学预测，威慑力度大于集体掌握）。
因此联合国把开关交回给罗辑，罗辑成为“执剑人”（手执高悬两个文明头顶的达摩克利斯之剑）。
也许是为了让庄颜和孩子彻底得到平静的生活，也许是受不了自己丈夫手握两个文明命运的沉重，也许是成为执剑人的巨大压力让罗辑异化，几年后庄颜带着孩子离开。
罗辑每时每刻都不能有任何的软弱被三体看出，开始了长达50余年孤身一人与三体人对峙的执剑人生涯。
此间逃亡在外的“青铜时代”号见威慑成立欲返回，被诱回地球后，所有人被以反人类罪逮捕，“青铜时代”号向“蓝色空间”号发出警告讯息，“蓝色空间”号加速逃离。
地球舰队的“万有引力”号与三体的水滴编队，开始追捕“蓝色空间”号（对其穷追不舍的原因是担心逃亡飞船会因为报复，对外广播两个文明的坐标）。
地球上女博士艾AA发现云天明送给程心的恒星DX3906存在类地行星，成为移民的希望，因产权问题唤醒程心。
冬眠后醒来的程心的原上司托马斯·维德为成为第二代执剑人，射杀强有力的竞争者程心未果被捕入狱。
程心当选第二任执剑人，接替已是垂暮老者的罗辑，三体看出了程心的软弱，就在罗辑将宇宙广播系统开关交给程心的十五分钟后，太阳系内的六个水滴向地球发起攻击。
果然，程心放弃发出宇宙广播，地球上宇宙广播系统被水滴摧毁。
同时与“万有引力”号编队追击“蓝色空间”号的水滴欲攻击“蓝色空间”号和“万有引力”号，却被能够部分进入四维空间的的“蓝色空间”号摧毁（四维对三维的干涉是可以直接进入三维物体内部结构的）。
“蓝色空间”号占领“万有引力”号，对太空启动了宇宙广播，暴露了三体世界的坐标，然后继续远离太阳系寻找新的家园。
之所以人类可以进入四维空间，是因为人类生存的宇宙是一个从四维空间降维得到的三维空间。
这种降维是由宇宙文明间的降维攻击导致，当全部宇宙被降低到三维空间后，还残留了一些极小的四维空间，称之为四维碎片。当三维人类进入四维碎片，可以跨越距离和障碍对三维空间的存在进行影响。
不知道自己已经被暴露的三体通过人形机器人智子，开始强迫全人类向澳大利亚移民，一年后地球和三体得知了“万有引力”号的广播行为，三体放弃地球，人类从受三体入侵的威胁转为面临未知文明的打击威胁。
“万有引力”号上的科学家关一帆与四维空间的神秘飞船“墓地”对话，并观测到了四维碎块的降维毁灭过程。
“墓地”的回答中实质上隐含了宇宙文明相互杀戮以及杀戮方式的残酷真相（某些文明为了彻底打击其他文明，先把自己改造成低维度生物，然后对其他没有进入低维度的文明进行降维攻击，以彻底消灭其他文明）。
几年后，三体世界三个恒星中的一颗被未知文明用光粒摧毁，只有少量三体人逃亡成功。
程心、罗辑、智子进行两个文明最后的谈话。
原来云天明被三体截获后复活，已经进入三体文明内部，他要与程心见面。
程心与云天明在太空中通过智子通讯交谈，因为被禁止交流拯救地球的方法（可能是为了防止逃过打击的地球发展起来后会对三体进行报复），云天明便冒险给程心讲了三个暗含拯救人类方法信息的童话，两人许下了也许永远都不能实现的以后在云天明送她的恒星DX3906星系相聚的约定，三体舰队带着云天明离开，彻底断绝了与地球的联系。
人类解读童话后得出了三种可能的拯救方法：
1、掩体计划（建造太空城躲在巨行星背面，躲避未知文明对太阳进行光粒袭击时带来的毁灭能量）；
2、黑域计划（改变太阳系的光速，将其降到16.7千米每秒，把太阳系转化成低光速黑洞以此对全宇宙证明人类文明的绝对安全，避免打击。但要付出技术自残的代价，使人类退回至低技术社会，且永远没有力量飞出低光速陷阱）；
3、建造可以光速飞行的曲率驱动飞船逃离太阳系。
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